海水缸比淡水缸要求高，在海水中的蛋白質同樣主要來源于生物的新陳代謝，但這些東西是有害的，并且基本都溶于水或半溶于水。只是海水可以利用蛋白質分離器和鹽度把產生NO2和NH的物質比較快的排出水體，減輕硝化系統的負擔，蛋白質分離器合理減輕了硝化菌分解細菌的壓力，蛋白質分離器的工作原理也是基于此。

蛋白質分離器又稱為化氨器、蛋白質除沫器、泡沫分餾器。其工作原理是利用微氣泡（直徑小于1mm) 的表面張力及靜電吸附的作用將溶解在水中的蛋白質（養殖生物的排泄物以及食物殘渣等形成）懸浮微粒從水中黏附、吹托分離出來。避免其分解成為有毒廢物前將它分離，減輕了生化系統的負擔，從而達到水處理的效果。

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